Naučnici se još uvek pitaju odakle su došli starosedeoci Japana

Drugim rečima, u srodstvu su sa stanovnicima Evrope i većim delom stanovnika zapadne Azije. Brojni dokazi sugerišu da su, u drevnoj prošlosti, nastanjivali područja Sibira i severne Azije.

Po završetku poslednjeg ledenog doba, pre dvanaest hiljada godina, krenuli su u seobu ka jugu – deo njih se raspršio čak do Australije. U to vreme, istočnoazijska i japanska ostrva su kopnenim ili ledenim "mostovima" bila spojena sa azijskim kopnom, te su Ainu preko njih naselili gotovo sva ostrva.

Stručnjaci pretpostavljaju da su išli tragom divljači, koja se selila na jug, te da su tako stigli u severni Japan, odakle, uhvaćeni u klopku otapanja leda, nisu imali kuda nego prema jugu. Većina se naselila na ostrvima Kjušu i Honšu, gde su živeli u malim naseljima, izuzetno jednostavnim životom.